Sbírka má svůj původ převážně v prostějovském regionu. Většina předmětů pochází z období od konce 19. stol. do poloviny 20. stol. Jde většinou o dary, nákupy, část tvoří pozůstalost Xaverie Běhálkové a Jana. Zbořila, ojediněle konfiskáty po 2. světové válce. V současné době se sbírka rozšiřuje především dary, méně pak nákupy. Etnografická sbírka Muzea Prostějovska je rozčleněna na řadu podskupin.
Podskupina lidových památek shromažďuje přes šest stovek předmětů zejména denní potřeby venkovského obyvatelstva, včetně lidového nábytku a zemědělských nástrojů. Součástí této podskupiny je i část pozůstalosti Xaverie Běhálkové z Tovačova. Podskupina nástrojů a forem je tvořena více než devíti sty předměty a je to jedna z nejrozmanitějších podskupin ve sbírkovém fondu muzea. Najdeme zde jak nejrůznější výrobní nástroje a jejich kolekce celé řady řemesel a profesí, tak předměty běžné potřeby zejména městského obyvatelstva, ale také třeba historické hračky.
Samostatnou podskupinu tvoří dřevěné plastiky. Většina ze sto dvaceti z nich jsou lidovými výrobky, setkáme se zde však také s vysoce umělecky hodnotnými kusy, včetně několika pozdně gotických plastik z období tzv. krásného slohu. Část této sbírky je tvořena poválečným konfiskátem.
Sbírka skříňkových obrazů (přes sto padesát položek) má svůj základ v pozůstalosti Jana Zbořila. Homogenní podskupinou je soubor klasických lidových maleb na skle. Téměř sto dvacet kusů má svůj základ opět v pozůstalostech Xaverie Běhálkové a Jana Zbořila. Nejrozsáhlejší podskupinou etnografických sbírek, čítající téměř jedenáct set kusů, je lidová keramika a majolika. I zde najdeme řadu velmi cenných a zajímavých jednotlivostí, včetně souboru habánské keramiky.
Sbírkový fond textilu obsahuje především lidový textil z regionu Prostějovska, dále z Drahanska, jednotlivé předměty pocházejí také ze Slovácka a jihozápadního Slovenska. Ve fondu jsou zastoupeny sběry F. X. Běhálkové, T. Mayera, J. Zbořila, M. Vařekové z období konce 18. až konce 19. stol., krojové komplety z první poloviny 20. století. Mezi nejvzácnější sbírkové celky patří soubor vyšívaných plachet – tzv. úvodnic. Součástí etnografické sbírky je kromě lidového textilu také historický oděv, neucelená kolekce zahrnující jednotlivé oděvní součástky od poloviny 19. stol. do 60. let a kolekce součástek sokolského kroje.